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全外显子组测序（WES）

产品描述
案例解析
结果展示
送样须知
Q＆A

　　①技术介绍

全外显子组测序(Whole Exome Sequencing，WES)是指利用序列捕获技术将外显子区域DNA进行捕获并富集后进行高通量测序，能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传变异，虽然外显子区域不到全基因组的2%，但是却集中了大部分疾病的致病突变位点。现在，外显子组测序技术已经应用到寻找与各种复杂疾病相关的致病基因和易感基因的研究中。

      

        ②技术路线

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      ③技术参数

 

样本要求

测序策略

交付周期

样品类型：基因组DNA 
样品总量：≥20 ng/μl（Qubit定量） 
样品总量：≥3.0μg（3次建库总量，不包括样品检测损耗，Qubit定量） 
样品纯度：OD260/280为1.7~2.2 
电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解，无严重RNA、蛋白质污染。（距送样日最近的电泳结果） 

测序模式：Illumina/MGI PE150；
测序深度：生殖细胞突变≥100X（10G）；
体细胞突变≥150X（15G）

45天

 

       ④产品优势

　　a.高特异性：采用主流试剂盒，捕获效率稳定，外显子区域覆盖全面，捕获特异性高;

　　b.高性价比：外显子区域功能注释全面，能经济有效发现疾病或性状相关区域，节省科研成本;

　　c.信息有效率高：相比于全基因组测序具有更深覆盖度和数据精度，干扰信息少，易于分析。

多区域全外显子组测序揭示了胆管癌（CCA）的肿瘤异质性

Whole exome sequencing of multi-regions reveals tumor heterogeneity in Opisthorchis viverrini-associated cholangiocarcinoma

背景：胆管癌（CCA）是一种包括多种类型肿瘤的疾病，是第二常见的原发性肝癌，在东南亚发病率较高，CCA的确切病因至今仍不确定，然而在东南亚国家感染了肝吸虫的人群与CCA疾病的开展密切相关。CCA患者通常在晚期被诊断出来，限制了治疗选择和预后，因此，开发CCA的新治疗方案正面临严峻的挑战。

方法：从肿瘤和邻近组织中提取DNA 后，使用 Agilent SureSelect V6 外显子探针构建文库，然后使用 NovaSeq 6000平台进行外显子组测序分析。测序数据与参考人类基因组进行比对，以检测体细胞单核苷酸变异（SNV）、体细胞拷贝数改变（SCNA）和突变特征。对体细胞突变数据进行统计分析，以推断CCA个体的亚克隆。

 

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结果：1、取得多区域外显子组测序的 13 例 CCA 患者的突变谱。变异分类的结果表明，大多数变异分类是错义突变，在总共4810个非同义突变中，有3902个突变，其余的非同义突变为 244 个无义突变、281 个剪接位点变异以及 298 个缺失和 81 个插入。

 

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2.CCA患者的肿瘤内异质性程度表现出显着差异

 

 

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3.使用体细胞单核苷酸变异（SNV）创建了一个肿瘤多区域树，ERBB2等靶向突变强调了个性化治疗的可能性。

 

 

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结论：顺利获得对13例患者的52例肿瘤样本和13例癌旁组织进行多区域全外显子组测序，数据展示出显著的瘤内异质性和患者间异质性。患者K110染色体不稳定意味着侵袭性肿瘤行为和不良预后；ERBB2 靶向突变强调了个性化治疗的可能性。这些发现强调了针对疾病流行地区个性化治疗策略的必要性。

[1] Sitthirak S , Wangwiwatsin A , Jusakul A ,et al.Whole exome sequencing of multi-regions reveals tumor heterogeneity in Opisthorchis viverrini-associated cholangiocarcinoma[J].Scientific Reports, 2025, 15(1).DOI:10.1038/s41598-025-95142-3.

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目标区域覆盖度

 

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Ts/Tv分布

 

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SNP分布

 

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突变类型

组织样本

a. 新鲜组织：取长宽高均0.5cm左右的小块（黄豆大小）；组织量要求：>200mg。PBS缓冲液清洗干净并擦干表面水分，液氮速冻后用封口膜封口，-80℃保存或液氮中长期保存。
b. 血液：使用EDTA抗凝管（紫色盖子）或加EDTA/柠檬酸钠抗凝剂的管子接收新鲜血液，反复颠倒混匀；血液量要求：≥1mL。-80℃保存，避免反复冻融。
c. 细胞系：收集≥1*106个细胞，离心弃上清，细胞沉淀用PBS缓冲液重悬，重悬液离心弃尽上清，液氮速冻1h后-80℃保存或液氮中长期保存。

 

核酸样本

a. 样品类型：无降解且无蛋白和RNA污染的DNA溶液（针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样或者酌情增加送样量） ；

b. 样品需求量：≥1 µg；

c. 样品浓度：≥20 ng/µL；

d. 样品纯度：OD260/280= 1.8~2.2

1.外显子捕获效率是什么？

全外显子组测序过程中要用到杂交过程。在人的染色体上有许多与外显子有同源性的部分，这些有同源性的部分很可能在杂交过程中也被捕获下来。所以在测序得到的序列中，有一部分并不是外显子序列。我们把测序数据中外显子的部分占全部测序数据总量的比例称为捕获效率。

 

2.全外显子组测序一般推荐的测序深度是多少？

深度根据客户/合作伙伴的研究目的和样品数量而定。一般建议有效测序深度至少大于 100X 以上。现有文献已报道，全外显子组测序的深度影响变异检测率，随着测序深度的升高，变异检出率会增大，且达到一定深度时，变异检测达到平稳状态。

 

3.肿瘤研究推荐测序深度？肿瘤样品如何选对照样品？

癌组织推荐200X 以上，癌旁推荐 100X 以上，具体根据客户研究目的及经费情况可以调整。对于全外显子组测序，实体瘤一般选择癌旁或者血液作为对照，血液肿瘤可以选口腔细胞或者皮肤作对照组。

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