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宏转录组测序

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Q&A

①技术介绍

宏转录组学是一门在整体水平上研究某一特定环境、特定时期群体生物全基因组转录情况以及转录调控规律的学科。宏转录组测序,可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。

 

②技术路线

 

3

 

③技术参数

 

样本要求 测序策略 交付周期
样品类型:环境微生物RNA样品
样品浓度:≥100ng/μl
样品总量:≥4μg
样品纯度:OD260/280为1.8~2.2,OD260/230为1.8~2.2;28S:
18S≥1;RIN≥7
测序模式:lllumina/MGI PE150
测序深度:6-12G clean data
45天

 

 

④产品优势

a.技术优势:采用官方去核糖体试剂盒,可以有效去除rRNA,大大提高有效数据利用率;

b.个性化解决方案:除常规分析外,可给予多项高级分析,为您的项目给予最佳解决方案。

23

α多样性箱型图

 

45

物种注释聚类热图

a. 暂不接收组织或环境样本;

b. 核酸样本送样要求:总量≥1ug;浓度≥50ng/ul;OD260/280=1.8~2.2;-80℃环境保存。

1.宏转录组一般推荐多少数量?

粪便或肠道内容物,推荐5G数据量;

环境类样本比如土壤、水体,推荐10G数据量;

组织类等宿主占比较高的样本,推荐至少10G数据量。

建议根据研究目的来选择数据量。

 

2.宏转录组生信分析内容中包括物种注释及差异基因分析吗?

包括。在我们的标准分析流程中,包括物种注释及差异基因的分析内容,以及物种与基因两个维度的功能注释。同时,根据不同的分析需求,武汉生物PA视讯zhenren官网还推出针对于病毒的宏病毒组分析内容,包括已知病毒的鉴定和分析。

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